La Cour des Comptes est une structure bicéphale (le siège et le parquet), dirigée respectivement par le Président et le Commissaire Général du Trésor Public. Ils sont choisis parmi les Magistrats les plus anciens dans le grade le plus élevé de l’ordre financier en poste à la Cour Suprême.
La Cour des Comptes est composée de Chambres dont le nombre est fixé par le règlement intérieur. Une Chambre est assistée d’un Greffier et comprend :
1. un Président de Chambre;
2. des conseillers;
3. des auditeurs.
Le Président de la Cour répartit les travaux entre les Présidents de Chambre de la Cour des Comptes. Il définit les fonctions des assistants de vérification qui participent aux travaux de contrôle, sous la direction et la responsabilité des rapporteurs. Il nomme les experts pouvant apporter une assistance dans le cadre des enquêtes de caractère technique que la Cour est appelée à réaliser.
Le Président de la Cour arrête les programmes de vérification de la Cour des Comptes après avis du Commissaire Général du Trésor Public.
Le Commissariat Général du Trésor Public est composé :
1. du Commissaire Général du Trésor Public;
2. des Commissaires du Trésor Public;
3. des Avocats Généraux;
4. des Substituts Généraux.
Le Commissaire Général du Trésor Public coordonne les activités des Avocats Généraux et des Substituts Généraux relevant de son autorité lesquels sont répartis auprès des différentes Chambres de la Cour des Comptes par décision du Procureur Général.
Le Commissaire Général du Trésor Public représente en personne ou par ses Avocats Généraux ou Substituts Généraux le Ministère Public de la Cour des Comptes.
Les Président arrête les rôles d'audience de la Cour des Comptes après avis du Commissaire Général du Trésor Public.